Địa bàn xã Lĩnh Toại hiện nay trước đây vốn là hai xã Hà Toại và Hà Phú.

Trước khi sáp nhập, xã Hà Toại có diện tích 2,93 km², dân số là 1.560 người, mật độ dân số đạt 532 người/km². Xã Hà Phú có diện tích 3,09 km², dân số là 2.685 người, mật độ dân số đạt 869 người/km².

Ngày 16 tháng 10 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 786/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Thanh Hóa (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 12 năm 2019)[1]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Hà Phú và xã Hà Toại thành xã Lĩnh Toại.

Từ xa xưa trên địa bàn xã Lĩnh Toại có tuyến kênh Nhà Lê nối từ kinh đô Hoa Lư đến Đèo Ngang đi qua, là tuyến đường thủy đầu tiên trong lịch sử Việt Nam và được coi là tuyến đường Hồ Chí Minh trên sông vì những đóng góp cho các cuộc chiến tranh của người Việt (hiện là một đoạn của sông Hoạt theo tên gọi địa phương).